1565 год — 27 апреля испанский конкистадор Мигель Лопес де Лагаспи в сопровождении четырёхсот вооружённых солдат прибыл на острова и основал Себу — первое испанское поселение. В 1762 году после жестокой битвы Манилу захватили колониальные войска Великобритании из Восточной Индии, однако на следующий год они были возвращены Испании. Враги Испании активизировали национально-освободительное движение. Антииспански были настроены мусульмане и местная китайская диаспора.
К XIX веку появилась прослойка из испаноязычных католиков-филиппинцев, креолов и метисов, которые стали лидерами борьбы за независимость. Хосе Рисаль, самый знаменитый пропагандист, в 1896 году за подрывную деятельность началась Филиппинская революция, руководимая обществом «трёх К» (Kataastaasan at Kagalang Katipunan ng mga Anak ng Bayan), Революционерам почти удалось изгнать испанцев к 1898.
В 1898 году после Испанско-американской войны Испания передала Филиппины, Кубу, Гуам и Пуэрто Рико Соединённым Штатам Америки за 20 миллионов долларов в соответствии с Парижским мирным договором 1898 года. 12 июня 1898 года филиппинцы во главе с Эмилио Агинальдо провозгласили себя независимыми от Испании. Это привело к войнам с повстанцами и революции. Во время Второй мировой войны Филиппины были оккупированы японцами.
Окончательно Филиппинам была предоставлена независимость в 1946 году. Последующий период был омрачён послевоенными проблемами. Волнения граждан во время не пользующейся признанием диктатуры Фердинанда Маркоса закончились только в 1986 году. На данный момент возникают трудности с восстаниями махистов.