В начале 60-х Маринеско смертельно заболел: рак горла и желудка. Больной, с мизерной зарплатой, с которой высчитывались алименты ... Около двухсот офицеров обратились в ЦК КПСС с просьбой назначить ему персональную пенсию. В просьбе отказали. Впоследствии отказали назначить пенсию его матери, пережившей сына на 12 лет (жила в Одессе).
Последние два года Маринеско провел в больнице и госпитале, мужественно перенося страшную болезнь (его третья жена, друг, который был с ним до последнего дня жизни, рассказывала: когда его, умирающего, перевозили в госпиталь, через окно автомобиля было видно на рейде корабли . "Больше я их никогда не увижу ...", - единственный раз, когда Александр заплакал).
25 ноября 1963 Маринеско скончался. За месяц до этого писатель Сергей Смирнов в телепередаче то сказал, что знаменитый подводник живет в крайней нищете. Даже после смерти героя люди слали ему деньги ...